העיר חלחול ידועה כעיר מזמן התנ"ך וכמקום קבורתם של נתן הנביא וגד החוזה
העיר נזכרת פעם אחת בתנ"ך, ברשימת ערי שבט יהודה: "חַלְחוּל בֵּית-צוּר וּגְדוֹר"[3], מצפון לחלחול מצויה "ח'רבת בית צור" אולם בחפירות באתר זה התגלו רק שרידים ביזנטים וערביים, ללא אף ממצא מתקופת המקרא. צפונה משם נמצאת "ח'רבת ג'דור", שמספר חוקרים מזהים אותה עם העיר המקראית גדור.
העיר נזכרת גם כיישוב יהודי שהתקיים בתקופת בית שני, ויוסף בן מתתיהו מציינה כיישוב בו חנו אדומים בזמן המרד הגדול[4].
במקום שרידי יישוב רבים מתקופות היסטוריות שונות החל מתקופת הברונזה הקדומה.
בסביבה נערך קרב בית צור בימי החשמונאים. היה זה כאשר ליסיאס המצביא היווני הגיב על מפלה קודמת שנחל בקרב אמאוס והביא איתו מדרום ארץ ישראל חיל גדול יותר מאשר היה ברשותו בקרב קודם. ליסיאס רצה להפתיע ולפלוש ליהודה דרך מדבר אדום מכיוון דרום מאזורים לא מיושבים ביהודים, אך יהודה גילה את תכסיסו וחסם בפניו את הדרך לירושלים. הקרב בין שני הצבאות נערך בדרך לירושלים סמוך לבית צור וצפונית לחלחול.
החל מהמאה ה-13 מופיעות עדויות כי בחלחול מצויים קברי גד החוזה ונתן הנביא. אתר קבר זה מוזכר כאתר עלייה לרגל בכתבי נוסעים יהודיים כבר מימי הביניים.
לעומת זאת, ישנן מספר מסורות מוסלמיות בדבר מקום קבורתו של יונה הנביא. מסורת אחת מזהה את קברו במסגד בעיירה חלחול השוכנת מצפון לעיר חברון:
- מורה דרך בארץ ישראל וסוריה כותב כי הערבים יקראו לו נֶבִּי יונַאס אך המושלמנים יושבי הכפר הם קנאים ואדוקים ולא יניחו לאיש זר אשר איננו מקורב עמהם לבוא את תוך המסגד". מסורת זו מופיעה גם ברשימת קברים משנת ה'תק"א (1810) בספר אוצר טוב להחכם וכו', ד"ר ברלינר תרל"ט (1873). הם מזכירים כי על הקבר יש בית מסגד.
- הנוסע המוסלמי אבן בטוטה בן המאה ה-14 מספר כי לאחר שהיה במערת המכפלה בחברון, ירד מזרחה לים המלח שהוא מכנה אותו "אגם לוט" ובדרכו לירושלים הוא עוצר בחלחול, היכן שהוקם מסגד גדול מעל לקברו של יונה הנביא. הוא מכנה אותו אתר קדוש יחד עם האתרים בחברון ובבית לחם[6].
